4ème stade
L'atteinte devient plus profonde, les substances pathogènes se répandent dans le milieu interstitiel de certains tissus, entravant progressivement les échanges cellulaires et l'élimination des déchets : c'est la phase d'imprégnation. C'est le stade de la toxémie, des troubles organiques fonctionnels, des troubles glandulaires ou nerveux puis des fibroses et des scléroses résultant d'un encrassement progressif de l'organisme.
5ème stade
A ce stade, les cellules de certains tissus sont directement atteintes, le facteur pathogène pénètre et intoxique la cellule, entravant les fonctions vitales de certains organes et provoquant, à plus ou moins long terme, des manifestations lésionnelles : c'est le stade de dégénération. C'est la phase des maladies lésionnelles comme les arthrites, infarctus, ruptures vasculaires, ulcérations, thromboses.
6ème stade
Le facteur pathogène touche le noyau cellulaire perturbant la commande génétique et entravant la duplication cellulaire : c'est la phase des néoformations. C'est le stade des processus tumoraux dégénératifs, atteinte ultime de l'organisme.